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正宗的华裔穆斯林大多数居住在爪哇岛、苏门答腊岛和巨港(巴邻旁)市，那里曾经是郑和舰队1413年停靠的地方。 一百年后，有一位葡萄牙探险家托密．皮莱斯来到爪哇岛，他在旅行日记中说，他发现爪哇人有可能皈信伊斯兰，而居住在当地的外籍穆斯林移民都希望在爪哇长期定居。 他说，管理爪哇岛的首领不是当地人，而是华人后裔和其他外来移民。
公元十七世纪，由几位荷兰历史学家撰写的印度尼西亚编年史，其中有H．J．格拉夫和西尔多．皮格奥德，他们记录了在爪哇岛建立的伊斯兰淡目王国的政治和历史，掌权的人都是华裔穆斯林。 十七世纪荷兰人创立了荷兰联合东印度公司，对印度尼西亚群岛进行普遍勘探和开发，他们从中国沿海地区招募华工到印度尼西亚充当苦力劳工，其中有有一部分中国商人。
在印度尼西亚开发的甘蔗种植农场因为国际市场上的糖价太低而纷纷破产，大批华人劳工失业，1740年爆发了华工暴动。 东印度公司动用武装力量给予严厉镇压，屠杀一万至一万五千人，成为印尼历史上的一次荷兰殖民主义制造的“华人大屠杀”事件。 暴动被平息之后，荷兰殖民政府对华人严加监控，加重税收，这样迫使许多华人加入本土人社会，皈信伊斯兰。 从十八世纪开始，华人从爪哇岛散布到其他岛屿，特别是城镇，所以在首都雅加达以外的城市里都有了华人定居点。 十八世纪，有一名澳大利亚的旅行家希舍．萨特兰德对印尼城市进行考察，在望加锡(马卡萨)发现当地居民的华裔有三分之一是穆斯林。
十九世纪，东印度公司由政府接管，成为国营企业，配合政府实行种族歧视政策，鼓励华人同荷兰殖民政府合作，而压制当地本土人。 新政策把不同种族分为等级，欧洲人第一等，其次是华人，再其次是阿拉伯人和印度人(东方外国人)，本土人属于最低级的居民。 “分而治之”的目标是，把印度尼西亚本土人同华人远远隔离开，不能使他们有机会联合起来共同反抗荷兰殖民统治。
二战之后，印尼人民反殖民主义也获得胜利，赶走了荷兰人，1950年宣布独立。 第一任总统苏加诺在他的政府中容纳了华人参政，并且设定两名华人穆斯林担任部长：卫生部和财政部。 1965年新上任的总统苏哈托，采取了排斥华人的政策，出台一系列制度对华人加速同化，他认为华人文化与伊斯兰背道而驰。 爪哇的一位历史学家斯拉梅特．穆尔贾纳在1968年出版了一部学术著作《爪哇印度教的衰微以及印度尼西亚伊斯兰王国的兴起》，他特别强调，印度尼西亚的伊斯兰化有中国穆斯林的重大贡献，并且列举了数位华人穆斯林先贤。 这部书遭到苏哈托严禁。
根据印度尼西亚大学华族文化研究所副所长纳塔利亚．索巴格若教授的观察，由于历史变迁和不同时期的压制，如今的印尼华裔穆斯林同中国文化和历史几乎完全切断了关系。 他说：“他们现在都自称是印度尼西亚人(穆斯林)，但从许多人的家庭背景和文化习俗中，可以证明他们是十足的华人后裔。”
1998年，看到了苏哈托独裁统治走到了尽头，又兴起了一阵改善华人地位的社会运动。 第四任总统阿布杜拉哈曼．瓦希德(1999-2001)决心对华人地位做重大改变，并且自称是“华人的后代”。 他确信自己的祖先来自中国福建省，祖上曾是中国明朝皇帝派到印度尼西亚的大使。 2000年，瓦希德总统颁布了一系列改善华人地位的政策文件，如开放华人学校，承认华人的春节为公共节日，批准华人社会发行华文报刊。 华裔穆斯林在印度尼西亚许多城市建造了清真寺，都取名为“郑和清真寺”，如巨港；生活在印度尼西亚的华裔穆斯林，均以中国明朝舰队司令郑和为民族的骄傲和文化特征。
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